Skolens øverste organ er bestyrelsen, som består af 7 personer (6 eksterne bestyrelsesmedlemmer samt en medarbejderrepræsentant).
Derudover deltager elevrådsformanden i bestyrelsesmøderne og har således indflydelse på den kurs, som bestyrelsen udstikker. Bestyrelsen samarbejder med ledelsen om de mål, der skal være i fokus for at sikre kvaliteten af undervisningen og for at sikre, at dimitterende elever fra Gentofte Studenterkursus til enhver tid kan møde udfordringerne fra det danske samfund og globaliseringen, hvor de skal være parate til at påtage sig en aktiv rolle.
Bestyrelsen består af:
Henrik Ramskov (formand), Per Brun Andersen (næstformand), Ruth Sønderskov Bjerrum, Hans Andresen, Hans Lind, Svend-Erik Pii Sørensen og Karen Horsdal Christensen (medarbejderrepræsentant).
Gentofte Studenterkursus vedtægter, offentliggjort d. 20/8-2012
Resultatløn
Rektor og bestyrelse indgår hvert år en kontrakt om resultatløn. I perioden 2017 var der en resultatlønskontrakt for august -december. I denne perioden blev der udbetalt 72% af den mulige resultatløn.